Президент Леонид Кучма издал Указ о символике Министерства здравоохранения Украины. Согласно указу, основаны эмблема, флаг и утверждены их описание и рисунок.Эмблема Министерства здравоохранения являет собой щит зеленого цвета, в центре которого изображен золотой равносторонний крест на фоне золотых лучей. В центральной части креста размещено изображение чаши со змеей, которая ее обвивает, зеленого цвета. В верхней части щита на фоне декоративного картуша расположен малый государственный герб. В нижней части щита — лента с надписью в две строки буквами зеленого цвета: «Министерство здравоохранения Украины». Картуш и лента — золотые.
Знамя министерства являет собой прямоугольное полотнище белого цвета в соотношении сторон 2:3. В верхнем левому углу полотнища изображен государственный флаг Украины, а в центре свободной половины — эмблема Министерства здравоохранения Украины.