В здании бывшего храма Св. Архистратига Михаила, в котором сейчас находится 7-й зал Музея КЧФ, состоялось богослужение. Это произошло впервые после закрытия храма в 20-е гг. XX века. Знаменательно, что событие состоялось в День памяти Святого Архистратига Михаила, покровителя воинства. Идя навстречу верующим Русской православной военно-морской общины, зарегистрированной 25 мая 1993 г. (настоятель — иерей Александр (Бондаренко), командование Черноморского флота РФ дало разрешение на проведение службы. Службу провел Благочинный Севастопольского округа УПЦ протоиерей Владимир (Карпец).
Во время 1-й обороны Севастополя 1854-1855 гг. церковь Св. Архистратига Михаила являлась главной гарнизонной церковью города. В период первой обороны Севастополя здание церкви в незначительной степени пострадало. В 1857 г. храм одним из первых был восстановлен среди культовых сооружений города.
Согласно Указу Президента Украины 125 от 04.03.92 г. «О мерах по возвращению религиозным организациям культового имущества» за 10 лет религиозным организациям в Севастополе безвозмездно были переданы 12 православных храмов и мусульманская мечеть. Из сохранившихся православных культовых сооружений церковь Св. Архистратига Михаила до 21.11.03 г. оставалась единственной, где богослужение не велось.